normalized_similarity_matrix

A step of the mafft_native implementation. Called by mafft_alignment, morie_mafft. See the file header for the source the module follows.

Usage

normalized_similarity_matrix(
  raw_matrix = NULL,
  freqs = NULL,
  s_a = 0.06,
  seq_type = "aa",
  mode = "normalized",
  default = "jtt200"
)

Arguments

raw_matrix

Optional; may be NULL. A vector; indexed elementwise.

freqs

Optional; may be NULL. A vector; indexed elementwise.

s_a

Numeric; combined arithmetically in the body. Defaults to 0.06.

seq_type

Compared against "nt". Defaults to "aa".

mode

Compared against "all_positive". Defaults to "normalized".

default

One of "grantham", "jtt200". Defaults to "jtt200".

Value

A list with matrix, s_a, alphabet, average1, average2, freqs, mode.

Examples

normalized_similarity_matrix()
#> $matrix
#> $matrix$`A|A`
#> [1] 0.684088
#> 
#> $matrix$`A|R`
#> [1] -0.01882347
#> 
#> $matrix$`A|N`
#> [1] 0.1775658
#> 
#> $matrix$`A|D`
#> [1] 0.09042661
#> 
#> $matrix$`A|C`
#> [1] 0.03411114
#> 
#> $matrix$`A|Q`
#> [1] -0.02192267
#> 
#> $matrix$`A|E`
#> [1] 0.08781456
#> 
#> $matrix$`A|G`
#> [1] 0.2991686
#> 
#> $matrix$`A|H`
#> [1] -0.1111765
#> 
#> $matrix$`A|I`
#> [1] 0.1821226
#> 
#> $matrix$`A|L`
#> [1] -0.07686524
#> 
#> $matrix$`A|K`
#> [1] -0.05692898
#> 
#> $matrix$`A|M`
#> [1] 0.06637037
#> 
#> $matrix$`A|F`
#> [1] -0.3005856
#> 
#> $matrix$`A|P`
#> [1] 0.3437022
#> 
#> $matrix$`A|S`
#> [1] 0.4285396
#> 
#> $matrix$`A|T`
#> [1] 0.4888218
#> 
#> $matrix$`A|W`
#> [1] -0.5065828
#> 
#> $matrix$`A|Y`
#> [1] -0.3611218
#> 
#> $matrix$`A|V`
#> [1] 0.3189888
#> 
#> $matrix$`R|A`
#> [1] -0.01882347
#> 
#> $matrix$`R|R`
#> [1] 1.045377
#> 
#> $matrix$`R|N`
#> [1] 0.154644
#> 
#> $matrix$`R|D`
#> [1] -0.07207476
#> 
#> $matrix$`R|C`
#> [1] 0.08362072
#> 
#> $matrix$`R|Q`
#> [1] 0.5347991
#> 
#> $matrix$`R|E`
#> [1] 0.09115738
#> 
#> $matrix$`R|G`
#> [1] 0.1959501
#> 
#> $matrix$`R|H`
#> [1] 0.4624926
#> 
#> $matrix$`R|I`
#> [1] -0.3098465
#> 
#> $matrix$`R|L`
#> [1] -0.247797
#> 
#> $matrix$`R|K`
#> [1] 0.8081082
#> 
#> $matrix$`R|M`
#> [1] -0.1793915
#> 
#> $matrix$`R|F`
#> [1] -0.5077593
#> 
#> $matrix$`R|P`
#> [1] 0.04354156
#> 
#> $matrix$`R|S`
#> [1] 0.0808384
#> 
#> $matrix$`R|T`
#> [1] 0.02794702
#> 
#> $matrix$`R|W`
#> [1] 0.207234
#> 
#> $matrix$`R|Y`
#> [1] -0.1855857
#> 
#> $matrix$`R|V`
#> [1] -0.2989173
#> 
#> $matrix$`N|A`
#> [1] 0.1775658
#> 
#> $matrix$`N|R`
#> [1] 0.154644
#> 
#> $matrix$`N|N`
#> [1] 0.8969793
#> 
#> $matrix$`N|D`
#> [1] 0.5876147
#> 
#> $matrix$`N|C`
#> [1] -0.04754751
#> 
#> $matrix$`N|Q`
#> [1] 0.1798147
#> 
#> $matrix$`N|E`
#> [1] 0.3096624
#> 
#> $matrix$`N|G`
#> [1] 0.1652032
#> 
#> $matrix$`N|H`
#> [1] 0.4303694
#> 
#> $matrix$`N|I`
#> [1] -0.154985
#> 
#> $matrix$`N|L`
#> [1] -0.3352168
#> 
#> $matrix$`N|K`
#> [1] 0.3433459
#> 
#> $matrix$`N|M`
#> [1] -0.1825245
#> 
#> $matrix$`N|F`
#> [1] -0.3564609
#> 
#> $matrix$`N|P`
#> [1] -0.000473448
#> 
#> $matrix$`N|S`
#> [1] 0.4336999
#> 
#> $matrix$`N|T`
#> [1] 0.3140397
#> 
#> $matrix$`N|W`
#> [1] -0.5945553
#> 
#> $matrix$`N|Y`
#> [1] 0.02216512
#> 
#> $matrix$`N|V`
#> [1] -0.1606054
#> 
#> $matrix$`D|A`
#> [1] 0.09042661
#> 
#> $matrix$`D|R`
#> [1] -0.07207476
#> 
#> $matrix$`D|N`
#> [1] 0.5876147
#> 
#> $matrix$`D|D`
#> [1] 1.076665
#> 
#> $matrix$`D|C`
#> [1] -0.3772388
#> 
#> $matrix$`D|Q`
#> [1] 0.2362221
#> 
#> $matrix$`D|E`
#> [1] 0.8586406
#> 
#> $matrix$`D|G`
#> [1] 0.2807113
#> 
#> $matrix$`D|H`
#> [1] 0.1634898
#> 
#> $matrix$`D|I`
#> [1] -0.3710581
#> 
#> $matrix$`D|L`
#> [1] -0.56332
#> 
#> $matrix$`D|K`
#> [1] 0.1247448
#> 
#> $matrix$`D|M`
#> [1] -0.3879595
#> 
#> $matrix$`D|F`
#> [1] -0.6604854
#> 
#> $matrix$`D|P`
#> [1] -0.2456
#> 
#> $matrix$`D|S`
#> [1] 0.1094687
#> 
#> $matrix$`D|T`
#> [1] 0.01248693
#> 
#> $matrix$`D|W`
#> [1] -0.690775
#> 
#> $matrix$`D|Y`
#> [1] -0.210555
#> 
#> $matrix$`D|V`
#> [1] -0.2420884
#> 
#> $matrix$`C|A`
#> [1] 0.03411114
#> 
#> $matrix$`C|R`
#> [1] 0.08362072
#> 
#> $matrix$`C|N`
#> [1] -0.04754751
#> 
#> $matrix$`C|D`
#> [1] -0.3772388
#> 
#> $matrix$`C|C`
#> [1] 1.980776
#> 
#> $matrix$`C|Q`
#> [1] -0.3222934
#> 
#> $matrix$`C|E`
#> [1] -0.4882477
#> 
#> $matrix$`C|G`
#> [1] 0.01186717
#> 
#> $matrix$`C|H`
#> [1] 0.1065846
#> 
#> $matrix$`C|I`
#> [1] -0.2153765
#> 
#> $matrix$`C|L`
#> [1] -0.2896187
#> 
#> $matrix$`C|K`
#> [1] -0.3040832
#> 
#> $matrix$`C|M`
#> [1] -0.1842049
#> 
#> $matrix$`C|F`
#> [1] 0.1569865
#> 
#> $matrix$`C|P`
#> [1] -0.2004709
#> 
#> $matrix$`C|S`
#> [1] 0.3097596
#> 
#> $matrix$`C|T`
#> [1] 0.02295362
#> 
#> $matrix$`C|W`
#> [1] 0.3320669
#> 
#> $matrix$`C|Y`
#> [1] 0.5533365
#> 
#> $matrix$`C|V`
#> [1] -0.07898772
#> 
#> $matrix$`Q|A`
#> [1] -0.02192267
#> 
#> $matrix$`Q|R`
#> [1] 0.5347991
#> 
#> $matrix$`Q|N`
#> [1] 0.1798147
#> 
#> $matrix$`Q|D`
#> [1] 0.2362221
#> 
#> $matrix$`Q|C`
#> [1] -0.3222934
#> 
#> $matrix$`Q|Q`
#> [1] 1.093758
#> 
#> $matrix$`Q|E`
#> [1] 0.4988365
#> 
#> $matrix$`Q|G`
#> [1] -0.07827428
#> 
#> $matrix$`Q|H`
#> [1] 0.6458757
#> 
#> $matrix$`Q|I`
#> [1] -0.3333289
#> 
#> $matrix$`Q|L`
#> [1] -0.1074605
#> 
#> $matrix$`Q|K`
#> [1] 0.5582474
#> 
#> $matrix$`Q|M`
#> [1] -0.1714594
#> 
#> $matrix$`Q|F`
#> [1] -0.4537515
#> 
#> $matrix$`Q|P`
#> [1] 0.2368268
#> 
#> $matrix$`Q|S`
#> [1] 0.01335983
#> 
#> $matrix$`Q|T`
#> [1] -0.02275034
#> 
#> $matrix$`Q|W`
#> [1] -0.3685912
#> 
#> $matrix$`Q|Y`
#> [1] -0.08748393
#> 
#> $matrix$`Q|V`
#> [1] -0.2880704
#> 
#> $matrix$`E|A`
#> [1] 0.08781456
#> 
#> $matrix$`E|R`
#> [1] 0.09115738
#> 
#> $matrix$`E|N`
#> [1] 0.3096624
#> 
#> $matrix$`E|D`
#> [1] 0.8586406
#> 
#> $matrix$`E|C`
#> [1] -0.4882477
#> 
#> $matrix$`E|Q`
#> [1] 0.4988365
#> 
#> $matrix$`E|E`
#> [1] 1.050484
#> 
#> $matrix$`E|G`
#> [1] 0.2427778
#> 
#> $matrix$`E|H`
#> [1] 0.07527604
#> 
#> $matrix$`E|I`
#> [1] -0.3722637
#> 
#> $matrix$`E|L`
#> [1] -0.5068671
#> 
#> $matrix$`E|K`
#> [1] 0.3250529
#> 
#> $matrix$`E|M`
#> [1] -0.366658
#> 
#> $matrix$`E|F`
#> [1] -0.7610729
#> 
#> $matrix$`E|P`
#> [1] -0.1995398
#> 
#> $matrix$`E|S`
#> [1] -0.01511102
#> 
#> $matrix$`E|T`
#> [1] -0.05772268
#> 
#> $matrix$`E|W`
#> [1] -0.6049396
#> 
#> $matrix$`E|Y`
#> [1] -0.4706523
#> 
#> $matrix$`E|V`
#> [1] -0.213944
#> 
#> $matrix$`G|A`
#> [1] 0.2991686
#> 
#> $matrix$`G|R`
#> [1] 0.1959501
#> 
#> $matrix$`G|N`
#> [1] 0.1652032
#> 
#> $matrix$`G|D`
#> [1] 0.2807113
#> 
#> $matrix$`G|C`
#> [1] 0.01186717
#> 
#> $matrix$`G|Q`
#> [1] -0.07827428
#> 
#> $matrix$`G|E`
#> [1] 0.2427778
#> 
#> $matrix$`G|G`
#> [1] 1.137455
#> 
#> $matrix$`G|H`
#> [1] -0.153896
#> 
#> $matrix$`G|I`
#> [1] -0.3241221
#> 
#> $matrix$`G|L`
#> [1] -0.5031424
#> 
#> $matrix$`G|K`
#> [1] -0.02142544
#> 
#> $matrix$`G|M`
#> [1] -0.3735625
#> 
#> $matrix$`G|F`
#> [1] -0.6401842
#> 
#> $matrix$`G|P`
#> [1] -0.09379955
#> 
#> $matrix$`G|S`
#> [1] 0.2920911
#> 
#> $matrix$`G|T`
#> [1] 0.06835643
#> 
#> $matrix$`G|W`
#> [1] -0.06150294
#> 
#> $matrix$`G|Y`
#> [1] -0.5435186
#> 
#> $matrix$`G|V`
#> [1] -0.1196073
#> 
#> $matrix$`H|A`
#> [1] -0.1111765
#> 
#> $matrix$`H|R`
#> [1] 0.4624926
#> 
#> $matrix$`H|N`
#> [1] 0.4303694
#> 
#> $matrix$`H|D`
#> [1] 0.1634898
#> 
#> $matrix$`H|C`
#> [1] 0.1065846
#> 
#> $matrix$`H|Q`
#> [1] 0.6458757
#> 
#> $matrix$`H|E`
#> [1] 0.07527604
#> 
#> $matrix$`H|G`
#> [1] -0.153896
#> 
#> $matrix$`H|H`
#> [1] 1.312941
#> 
#> $matrix$`H|I`
#> [1] -0.3058562
#> 
#> $matrix$`H|L`
#> [1] -0.1175411
#> 
#> $matrix$`H|K`
#> [1] 0.2724703
#> 
#> $matrix$`H|M`
#> [1] -0.2178336
#> 
#> $matrix$`H|F`
#> [1] 0.1377693
#> 
#> $matrix$`H|P`
#> [1] 0.144745
#> 
#> $matrix$`H|S`
#> [1] 0.09333759
#> 
#> $matrix$`H|T`
#> [1] -0.02372
#> 
#> $matrix$`H|W`
#> [1] -0.2985513
#> 
#> $matrix$`H|Y`
#> [1] 0.8125263
#> 
#> $matrix$`H|V`
#> [1] -0.3256509
#> 
#> $matrix$`I|A`
#> [1] 0.1821226
#> 
#> $matrix$`I|R`
#> [1] -0.3098465
#> 
#> $matrix$`I|N`
#> [1] -0.154985
#> 
#> $matrix$`I|D`
#> [1] -0.3710581
#> 
#> $matrix$`I|C`
#> [1] -0.2153765
#> 
#> $matrix$`I|Q`
#> [1] -0.3333289
#> 
#> $matrix$`I|E`
#> [1] -0.3722637
#> 
#> $matrix$`I|G`
#> [1] -0.3241221
#> 
#> $matrix$`I|H`
#> [1] -0.3058562
#> 
#> $matrix$`I|I`
#> [1] 0.9582929
#> 
#> $matrix$`I|L`
#> [1] 0.5126537
#> 
#> $matrix$`I|K`
#> [1] -0.3361345
#> 
#> $matrix$`I|M`
#> [1] 0.6843607
#> 
#> $matrix$`I|F`
#> [1] 0.1671471
#> 
#> $matrix$`I|P`
#> [1] -0.156382
#> 
#> $matrix$`I|S`
#> [1] 0.003572295
#> 
#> $matrix$`I|T`
#> [1] 0.3047644
#> 
#> $matrix$`I|W`
#> [1] -0.4193583
#> 
#> $matrix$`I|Y`
#> [1] -0.2190677
#> 
#> $matrix$`I|V`
#> [1] 0.8147904
#> 
#> $matrix$`L|A`
#> [1] -0.07686524
#> 
#> $matrix$`L|R`
#> [1] -0.247797
#> 
#> $matrix$`L|N`
#> [1] -0.3352168
#> 
#> $matrix$`L|D`
#> [1] -0.56332
#> 
#> $matrix$`L|C`
#> [1] -0.2896187
#> 
#> $matrix$`L|Q`
#> [1] -0.1074605
#> 
#> $matrix$`L|E`
#> [1] -0.5068671
#> 
#> $matrix$`L|G`
#> [1] -0.5031424
#> 
#> $matrix$`L|H`
#> [1] -0.1175411
#> 
#> $matrix$`L|I`
#> [1] 0.5126537
#> 
#> $matrix$`L|L`
#> [1] 1.018809
#> 
#> $matrix$`L|K`
#> [1] -0.3775459
#> 
#> $matrix$`L|M`
#> [1] 0.6479636
#> 
#> $matrix$`L|F`
#> [1] 0.5651797
#> 
#> $matrix$`L|P`
#> [1] 0.1229297
#> 
#> $matrix$`L|S`
#> [1] -0.07999255
#> 
#> $matrix$`L|T`
#> [1] -0.03371095
#> 
#> $matrix$`L|W`
#> [1] -0.0742307
#> 
#> $matrix$`L|Y`
#> [1] -0.01284102
#> 
#> $matrix$`L|V`
#> [1] 0.4310372
#> 
#> $matrix$`K|A`
#> [1] -0.05692898
#> 
#> $matrix$`K|R`
#> [1] 0.8081082
#> 
#> $matrix$`K|N`
#> [1] 0.3433459
#> 
#> $matrix$`K|D`
#> [1] 0.1247448
#> 
#> $matrix$`K|C`
#> [1] -0.3040832
#> 
#> $matrix$`K|Q`
#> [1] 0.5582474
#> 
#> $matrix$`K|E`
#> [1] 0.3250529
#> 
#> $matrix$`K|G`
#> [1] -0.02142544
#> 
#> $matrix$`K|H`
#> [1] 0.2724703
#> 
#> $matrix$`K|I`
#> [1] -0.3361345
#> 
#> $matrix$`K|L`
#> [1] -0.3775459
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